En 2012, se realiza una reingeniería, razón por la que se revisa la Filosofía de Educación Cristiana y se añaden varios aspectos del legado de John Amos Comenius. Se equipan dos centros de tecnología adicionales con sus respectivos proyectores, llegando a un total de 80 computadora. Se adquieren 11 proyectores multimedia para una mejor pedagogía en las aulas. Se realizan diagnósticos Online de las habilidades de la inteligencia a través del sistema “Habilmind”, el cual ofrece diagnósticos Online, recomendaciones terapéuticas y ejercicios específicos para fortalecer las habilidades deficientes. Se cambia el programa de matemática de Saxon Math por Holt McDougal, por ser más analítico y tener más recursos para la enseñanza. Se inicia un nuevo programa para preparación de PAES, en el que se incluye el concurso DANIEL. Se construye un nuevo salón para la Biblioteca, se desarrolla un plan para ampliar los servicios de la misma a través de libros, se adquieren libros virtuales y software para su administración. Se modifican los planos constructivos del proyecto ECO en Nuevo Cuscatlán. Se realizan campamentos Infantiles y Juveniles, con el testimonio de muchos niños y jóvenes Nacidos de Nuevo por la Gracia de Dios. Las medidas introducidas logran un considerable incremento en los promedios de notas de todas las secciones